Bay Ridge s’appelait autrefois Yellow Hook, rebaptisé en 1853.
Bay Ridge s’appelait autrefois Yellow Hook, un village nommé d’après la couleur de son sol ; en décembre 1853, il est rebaptisé pour éviter toute association avec la fièvre jaune, le nouveau nom étant choisi d’après la géographie locale. La station s’appelait à l’origine 95th Street–Fort Hamilton et se trouve en fait à Fort Hamilton. Le poste militaire local est appelé Fort Hamilton dès 1826, mais il ne reçoit officiellement le nom d’Alexander Hamilton qu’au XXe siècle.