Der Name verweist auf Flushing in Queens – doch dort kommt die Avenue nie an.
Flushing begann als niederländische Siedlung Vlissingen, benannt nach der Stadt Vlissingen in den Niederlanden, die auf Englisch Flushing heißt. Die Avenue führt von Fort Greene nach Maspeth und endet vor Flushing. Laut einer Liste historischer Straßennamen im Norden Brooklyns ersetzte die Flushing Avenue ältere Wege, darunter die Brooklyn and Newtown Turnpike Road.