„Flushing“ ist die englische Form von Vlissingen, der niederländischen Stadt, nach der es benannt ist.
Die Siedlung wurde 1645 als Teil von Nieuw Nederland gegründet und Vlissingen genannt; schon 1657 nannten die Bewohner sie „Vlishing“, und schließlich setzte sich der englische Name Flushing durch. Die Main Street entstand im 17. Jahrhundert als eine der Hauptstraßen von Flushing; ihre Kreuzung mit dem Northern Boulevard ist eine der ältesten modernen Straßenkreuzungen der Vereinigten Staaten.