« Flushing » est la forme anglaise de Vlissingen, la ville néerlandaise dont il porte le nom.
La localité fut fondée en 1645 en Nouvelle-Néerlande et nommée Vlissingen ; dès 1657, les habitants l’appelaient « Vlishing », et le nom anglais de Flushing finit par s’imposer. Main Street fut tracée au XVIIe siècle comme l’une des routes principales de Flushing ; son croisement avec Northern Boulevard est l’une des plus anciennes intersections modernes des États-Unis.