Nommée d’après Hunters Point, qui rappelle le capitaine de marine britannique George Hunter.
Les terres furent attribuées en 1643 à Everard Bogardus, pasteur de l’Église réformée néerlandaise, puis appartinrent au capitaine George Hunter, dont la famille y exploitait une ferme de 210 acres ; dès 1825, on parlait de Hunter’s Point. En 1835, Eliphalet Nott et Neziah Bliss achetèrent le domaine de la famille Hunter. La station se trouve sur la 49th Avenue, qui portait ici autrefois le nom de Hunters Point Avenue.