Le nom renvoie au palais de justice de Long Island City, au 25-10 Court Square.
Le palais de justice, dessiné par George Hathorne, fut construit dans les années 1870, après que la législature de l’État eut autorisé en 1870 le transfert du chef-lieu du comté de Queens à Long Island City ; il fut reconstruit et agrandi après un incendie en 1904. Les deux stations s’appelaient autrefois 45th Road–Court House Square et Long Island City–Court Square ; en 2011, toutes deux furent renommées simplement Court Square.