Benannt nach dem Junction Boulevard, dessen Name keine sichere Erklärung hat.
Die Station eröffnete 1917 als Junction Avenue und wurde 1940 in Junction Boulevard umbenannt. Der Autor Kevin Walsh brachte „Junction“ zunächst mit Straßenbahnlinien in Verbindung, die hier zusammentrafen, doch eine Junction Avenue ist schon auf einer Karte von 1873 verzeichnet; heute vermutet er, dass der Name auf die drei Bahnlinien zurückgeht, die die Straße kreuzte. Später nannte man den Boulevard die „Mason-Dixon-Linie“, weil er Jackson Heights von den schwarzen Vierteln East Elmhurst und Corona trennte.