Nommée d’après Junction Boulevard, dont le nom n’a pas d’explication certaine.
La station ouvrit en 1917 sous le nom de Junction Avenue et fut rebaptisée Junction Boulevard en 1940. L’auteur Kevin Walsh rattachait d’abord « Junction » à des lignes de tramway qui se rejoignaient ici, mais une Junction Avenue figure déjà sur une carte de 1873 ; il suppose désormais que le nom renvoie aux trois voies ferrées que croisait la route. Le boulevard fut plus tard surnommé la « ligne Mason-Dixon », car il séparait Jackson Heights des quartiers noirs d’East Elmhurst et de Corona.