Benannt nach der Neptune Avenue, die den Namen des römischen Meeresgottes trägt.
Laut NYC Parks ist die Neptune Avenue eine der drei großen Ost-West-Achsen von Coney Island; auch die beiden anderen tragen Namen aus der Wasserwelt. Bis 1995 hieß die Station Van Sicklen, nach der Familie, der das Land gehörte, durch das die ursprüngliche ebenerdige Trasse führte, und die dort das Van Sicklen Hotel betrieb. Danach wurde sie nach Neptune, der nächstgelegenen großen Avenue, umbenannt.