Nommée d'après la Neptune Avenue, qui porte le nom du dieu romain des mers.
Selon NYC Parks, la Neptune Avenue est l'une des trois grandes artères est-ouest de Coney Island, les deux autres portant aussi des noms aquatiques. Jusqu'en 1995, la station s'appelait Van Sicklen, du nom de la famille propriétaire des terrains traversés par la voie d'origine, en surface, et qui tenait sur place le Van Sicklen Hotel. Elle fut alors rebaptisée d'après Neptune, la grande avenue la plus proche.