Nommée d'après l'avenue Émile-Zola, sous laquelle elle se trouve.
La station a ouvert en 1913 sous le nom de Commerce, d'après la principale rue commerçante de l'ancien village de Grenelle. Elle a été renommée le 1er mars 1937 pour la distinguer d'une nouvelle station Commerce sur la ligne 8. Émile Zola (1840-1902) est le grand romancier naturaliste.