Nommée d'après la rue et le boulevard de Bercy, qui se croisent ici.
Tous deux rappellent Bercy, commune de 1790 jusqu'à son annexion, en grande partie, par Paris en 1860. La rue de Bercy était la rue principale du village ; le boulevard suit l'ancien mur d'octroi. Des entrepôts de vin se trouvaient juste à l'extérieur de ce mur, pour éviter les barrières d'octroi ; les tonneaux arrivaient par bateau sur la Seine. Une charte de 1134 mentionne déjà le lieu : insula de Bercilliis.