Nommée d'après la cour Saint-Émilion, une voie des anciens entrepôts de vin de Bercy.
Saint-Émilion est une appellation de vin du Bordelais. La station devait d'abord s'appeler Dijon, puis Pommard – Saint-Émilion, d'après la rue de Pommard toute proche aussi, afin qu'aucun des deux vignobles, Bourgogne ou Bordeaux, ne soit avantagé dans leur vieille rivalité ; finalement, seul Cour Saint-Émilion fut retenu. La cour et ses anciens chais datent des environs de 1880.