Benannt nach der Cour Saint-Émilion, einer Gasse in den alten Weinlagern von Bercy.
Saint-Émilion ist eine Weinbezeichnung aus der Gegend von Bordeaux. Die Station sollte zuerst Dijon heißen, dann Pommard – Saint-Émilion, auch nach der nahen Rue de Pommard, damit weder Burgund noch Bordeaux in ihrer alten Rivalität bevorzugt würde; am Ende blieb nur Cour Saint-Émilion. Die Gasse und ihre alten Weinkeller stammen aus der Zeit um 1880.