Nommée d'après l'École nationale vétérinaire d'Alfort, à Maisons-Alfort.
L'école fut créée en 1765, d'abord à La Chapelle, au nord de Paris, puis transférée au château d'Alfort, où l'enseignement commença en octobre 1766. Elle n'a plus quitté le site d'Alfort depuis. La station a ouvert en 1970 sous le nom de Maisons-Alfort – École Vétérinaire et a pris son nom actuel en 1996.