Nommée d'après la mairie de Saint-Ouen-sur-Seine.
La ville doit son nom à saint Ouen, évêque de Rouen, mort en 686 dans la villa Clippiacum, le palais du roi Dagobert. Commune créée à la Révolution sous le nom de Saint-Ouen, elle a été renommée Saint-Ouen-sur-Seine en novembre 2018. Depuis l'arrivée de la ligne 14 en 2020, la station a pour sous-titre Région Île-de-France : le siège du conseil régional se trouve à environ 200 mètres à l'ouest.