Nommée d'après Louis Pasteur (1822-1895), dont l'institut est tout proche.
Considéré comme l'un des pères de la microbiologie, Pasteur contribua à établir le rôle des germes dans les maladies, inventa la pasteurisation et mit au point des vaccins, dont celui contre la rage. La station se trouve sur le boulevard Pasteur, une voie de l'ancienne commune de Vaugirard qui prolongeait autrefois le boulevard de Vaugirard ; elle reçut son nom le 28 juillet 1896, l'année suivant sa mort.