Nommée d'après la porte de Clignancourt, d'après le hameau de Clignancourt.
Le hameau appartenait à l'abbaye de Saint-Denis. Lors de la construction de l'enceinte de Thiers, la porte prit son nom. La station a pour sous-titre Puces de Saint-Ouen, d'après le célèbre marché aux puces voisin. Elle a ouvert en 1908.