„Heiligenstadt“ heißt „heilige Stätte“ – welche, ist allerdings ungeklärt.
Der Ort erscheint um 1120/1125 als „St. Michael“; ab etwa 1190 nennen ihn die Urkunden „sanctus locus“, heilige Stätte. Vermutlich lag hier schon in heidnischer Zeit ein heiliger Ort, worauf er sich bezieht, ist aber ungeklärt; die alte Verbindung mit dem heiligen Severin gilt als widerlegt. Beethoven wohnte mehrmals hier und verfasste am 6. Oktober 1802 sein „Heiligenstädter Testament“.