« Heiligenstadt » signifie « lieu saint » – mais on ignore de quel lieu saint il s’agit.
Le village apparaît vers 1120/1125 sous le nom de « St. Michael » ; à partir de 1190 environ, les actes l’appellent « sanctus locus », le lieu saint. Il s’agissait probablement d’un lieu saint datant de l’époque païenne, mais lequel, on l’ignore ; le lien ancien avec saint Séverin est aujourd’hui jugé réfuté. Beethoven y vécut à plusieurs reprises et y écrivit son « Testament de Heiligenstadt » le 6 octobre 1802.