Benannt nach Schloss Schönbrunn, der ehemaligen Sommerresidenz der Habsburger.
Das Schloss hat seinen Namen vom Schönen Brunnen in seinem Park. Einer heute als Legende geltenden Geschichte nach entdeckte Kaiser Matthias die Quelle bei der Jagd. Der Name Schönbrunn taucht erstmals auf einer Rechnung vom 24. Jänner 1642 auf. Trotz ihres Namens liegt die Station größtenteils in der Katastralgemeinde Rudolfsheim; die Grenze verläuft mitten durch das Stationsgebäude.