Benannt nach dem Griebnitzsee, einem See mit slawischem Namen.
Der Name des schmalen Sees kommt von slawisch grib, ‚Pilz‘, und (n)ica, ‚Ort‘. Der Bahnhof wurde 1874 als Neubabelsberg eröffnet, 1938 wegen des wachsenden Ufa-Filmgeländes in der Nähe in Babelsberg-Ufastadt umbenannt und 1949 in Griebnitzsee. Bis 1990 war er Grenzbahnhof der DDR für den Transitverkehr nach West-Berlin.