Benannt nach dem Ortsteil Wannsee, der seinen Namen vom Großen Wannsee hat.
Der Große Wannsee, eine Bucht der Havel, hieß früher Wannensee. Der Bahnhof wurde 1874 mit der Wannseebahn als Wannensee eröffnet und 1878 in Wannsee umbenannt. Der Ortsteil selbst trägt den Namen erst seit 1898, als die Landgemeinde Stolpe, benannt nach dem mittelalterlichen Dorf, der ältesten Keimzelle des Ortsteils, in Wannsee umbenannt wurde.