Doit son nom au quartier de Wannsee, nommé d'après le lac du Großer Wannsee.
Le Großer Wannsee, une baie de la Havel, s'appelait autrefois Wannensee. La gare ouvrit en 1874 avec la Wannseebahn sous le nom de Wannensee et fut rebaptisée Wannsee en 1878. Le quartier ne prit ce nom qu'en 1898, lorsque la commune rurale de Stolpe, du nom du village médiéval qui forme le noyau le plus ancien du quartier, fut rebaptisée Wannsee.