Doit son nom à Nikolassee, colonie de villas qui a pris le nom d’un petit lac.
La colonie de villas fut fondée en 1901 et emprunta le nom du lac Nikolassee ; la gare ouvrit en 1902. Le lac doit son nom aux moines cisterciens de l’abbaye de Lehnin, qui l’acquirent très probablement en 1242 et l’appelèrent « St. Clawes See » en l’honneur de saint Nicolas (« Klawes » en moyen bas allemand). En 1652, il apparaît sous le nom de « Niclas See ».