Doit son nom au parc voisin, qui honore le compositeur Felix Mendelssohn Bartholdy.
Le parc fut aménagé en 1960–1967 à l’emplacement de l’ancien Schöneberger Hafen (port) et baptisé d’après Felix Mendelssohn Bartholdy (1809–1847), compositeur, pianiste et chef d’orchestre de l’époque romantique. La station ouvrit en 1998 ; elle devait d’abord s’appeler Hafenplatz, d’après la place située au nord du parc.