Benannt nach dem nahen Museum für Naturkunde, dem Naturkundemuseum Berlins.
Der Bahnhof wurde 1923 als Stettiner Bahnhof eröffnet, hieß ab 1951 Nordbahnhof und ab 1991 Zinnowitzer Straße. Da diese Straße kaum Bedeutung hat, schlugen ein Fahrgastverband und Politiker 2007 vor, ihn nach dem Museum zu benennen, dessen Sammlungen mehr als 30 Millionen Objekte umfassen. Die Umbenennung erfolgte im Dezember 2009.