Doit son nom au Museum für Naturkunde voisin, le muséum d’histoire naturelle de Berlin.
La station ouvrit en 1923 sous le nom de Stettiner Bahnhof, devint Nordbahnhof en 1951 puis Zinnowitzer Straße en 1991. Cette rue ayant peu d’importance, une association d’usagers et des responsables politiques proposèrent en 2007 de lui donner le nom du musée, dont les collections comptent plus de 30 millions d’objets. Le changement de nom eut lieu en décembre 2009.