Doit son nom à Pankow, qui tient le sien de la rivière Panke.
Pankow fut fondé vers 1230 par des colons allemands, qui reprirent le nom slave de la rivière. Son sens est incertain : il viendrait peut-être du polabe « pak » (« bourgeon » ou « touffe »), la rivière gonflant comme un bourgeon, ou désignerait un cours d’eau « tourbillonnant ». La gare du S-Bahn fut bientôt rebaptisée Pankow-Schönhausen, d’après le château de Schönhausen voisin, et s’appelle Berlin-Pankow depuis 1954.