« Südkreuz » signifie « croix du sud » : ici, le Ring croise les lignes vers le sud.
Jusqu’en 2006, la gare s’appelait Papestraße, d’après la General-Pape-Straße, nommée en l’honneur du général prussien Alexander von Pape (1813–1895). Dans le cadre du « Pilzkonzept » (concept du champignon) pour les chemins de fer berlinois après la chute du Mur – nommé d’après la forme de champignon que dessinent les grandes lignes sur le plan –, elle fut transformée en gare grandes lignes à partir de 2003 et reçut le nom de Südkreuz à sa mise en service, le 27 mai 2006.