Benannt nach der nahen Zitadelle Spandau, einer Festung der Renaissance.
Die Zitadelle wurde 1559–1594 um eine mittelalterliche Burg herum angelegt; ihr 30 Meter hoher Juliusturm ist ein Wahrzeichen Spandaus. In der Planung hieß der Bahnhof Am Juliusturm, nach der Straße über ihm. Weil seine Innengestaltung auf die nahe Festung anspielt, erhielt er stattdessen den Namen Zitadelle. Eröffnet wurde er am 1. Oktober 1984.