Doit son nom à la Zitadelle Spandau, la forteresse Renaissance voisine.
La citadelle fut construite en 1559–1594 autour d'un château médiéval ; sa Juliusturm, une tour de 30 mètres de haut, est un emblème de Spandau. Pendant sa planification, la station s'appelait Am Juliusturm, d'après la rue au-dessus. Comme sa décoration intérieure évoque la forteresse voisine, on la nomma finalement Zitadelle. Elle ouvrit le 1er octobre 1984.