Nommée d'après le bureau de douane du Royal Victoria Dock, où l'on payait les droits sur les marchandises.
Le bassin ouvrit en 1855, et parmi ses bâtiments se trouvait un bureau de douane qui percevait les droits sur les marchandises arrivées. Chaque grand port anglais en avait un, qui percevait les droits sur les importations et les exportations au nom du monarque. Le quartier en a pris le nom ; sur le DLR, la station s'appelle Custom House for ExCeL.