Nommée d'après un quai de 1936 dédié au commerce des fruits des îles Canaries.
Cette année-là, le poste d'amarrage n° 32 des West India Docks reçut un hangar de transit pour Fruit Lines Ltd, filiale de Fred Olsen Lines, destiné au commerce des fruits de Méditerranée et des Canaries, et prit le nom de Canary Wharf. Le nom des îles vient probablement du latin Canariae Insulae, les îles des Chiens (canis signifie chien), ce qui tombe bien : Canary Wharf se trouve sur l'Isle of Dogs, « l'île aux chiens ».