« Limehouse » signifie les fours à chaux au bord du fleuve.
Le nom vient du vieil anglais līm-āst, four à chaux. Dès 1335, les « limehostes », ou fours, se dressaient près de Forbystreet, à l'est de Ratcliff, et donnèrent plus tard leur nom à tout le quartier ; un moulin voisin broyait la craie. En 1400, cinq fours à chaux étaient loués. La gare a ouvert en 1840 sous le nom de Stepney et n'a pris le nom de Limehouse qu'en 1987.