Nommée d'après la colline à côté de la Tour de Londres.
Le nom est attesté pour la première fois en 1343 sous la forme Tourhulle ; des légendes britanniques plus anciennes appellent le lieu White Hill. Great Tower Hill se trouve à l'intérieur du tracé du mur de Londres, Little Tower Hill à l'extérieur. La station a ouvert en 1884 sous le nom de Mark Lane, d'après la rue, et a été rebaptisée Tower Hill en 1946 ; la station actuelle l'a remplacée en 1967.