Nommée d'après Anna Seguine, d'une famille locale d'origine huguenote.
Le quartier reçut son nom vers 1860 ; la gare ouvrit en mai de cette année-là. Anna Seguine descendait de huguenots français, qui comptèrent parmi les premiers colons de la South Shore et donnèrent aussi son nom au quartier voisin de Huguenot. La famille Seguine survit également dans la Seguine Avenue, principale artère nord-sud de l'est de Prince's Bay.