Nommée d'après les huguenots, protestants français qui s'installèrent ici.
Les huguenots vinrent dans le secteur pour fuir les persécutions dans la France catholique et y fondèrent l'un des premiers établissements permanents de Staten Island. Le lieu s'appelait à l'origine Bloomingview, tout comme la gare. Celle-ci fut ensuite nommée Huguenot Park, alors qu'il n'y avait aucun parc à proximité ; la MTA raccourcit le nom en Huguenot peu après avoir repris la ligne en 1971.