« Bowery » vient d'un ancien mot néerlandais signifiant « ferme ».
C'est une anglicisation du néerlandais bouwerie. Au XVIIe siècle, la route partait de Broadway au nord du fort Amsterdam et menait au domaine de Peter Stuyvesant, directeur général de la Nouvelle-Néerlande, reliant les fermes des environs à la ville. Stuyvesant se retira dans sa ferme de la Bowery en 1667. Jusqu'en 1807, la rue s'appelait Bowery Lane.