Nommée d'après la Christopher Street et, depuis 2024, le Stonewall National Monument voisin.
En juin 1969, les clients du Stonewall Inn, sur la Christopher Street, résistèrent à une descente de police, déclenchant les émeutes de Stonewall, largement considérées comme la naissance du mouvement de libération gay. La station, auparavant Christopher Street–Sheridan Square, a été rebaptisée le 28 juin 2024. La rue elle-même porte le nom de Charles Christopher Amos, qui acquit le terrain en 1799.