Nommée d'après l'église réformée néerlandaise de Flatbush, dont la congrégation remonte aux années 1650.
La Church Avenue doit son nom à l'église réformée néerlandaise de Flatbush Avenue, une congrégation fondée en 1654 dont le bâtiment actuel a été achevé en 1798. La route s'appelait auparavant Church Lane, et East Broadway à l'est de Flatbush Avenue. À mesure que l'église gagnait en importance, la route a pris son nom.