Nommée d'après deux rues qui se croisent, la Hoyt Street et la Schermerhorn Street.
La station se trouve à leur intersection, à la limite de Downtown Brooklyn et de Boerum Hill. La Hoyt Street honore Charles Hoyt, un promoteur de Manhattan qui acheta des terrains tout près en 1833 ; la Schermerhorn Street honore la famille de marchands Schermerhorn, selon une source les frères Abraham et Peter. En 2009, une élue municipale a proposé de rebaptiser la station en l'honneur de Michael Jackson, qui y avait tourné son clip « Bad » ; la MTA a rejeté l'idée.