Nommée d'après la Jay Street, qui honore John Jay, et le complexe d'affaires et d'enseignement MetroTech.
La Jay Street porte le nom de John Jay, premier président de la Cour suprême des États-Unis. Le MetroTech Center est né de l'idée de George Bugliarello, professeur au Polytechnic, d'un projet tourné vers la technologie pour relancer Downtown Brooklyn ; il a été créé en 1992, et en 2022 son propriétaire a annoncé qu'il serait rebaptisé Brooklyn Commons. Cette station s'appelait Jay Street–Borough Hall jusqu'à sa réunion avec la station voisine Lawrence Street–MetroTech en un seul complexe.