Jackson Heights doit son nom à Jackson Avenue, elle-même nommée d’après John C. Jackson.
Jusqu’en 1909, le secteur était un marais appelé Trains Meadow. Cette année-là, la Queensboro Corporation d’Edward A. MacDougall acheta les terrains et les nomma d’après Jackson Avenue, l’actuel Northern Boulevard ; « Heights » faisait écho au prestige de Brooklyn Heights. Roosevelt Avenue, formée en 1917 par la réunion d’autres rues, honore le président Theodore Roosevelt ; certaines sources y ajoutent Franklin D. Roosevelt.