Benannt nach William J. Staples, einem Kaufmann aus Manhattan, der das Dorf anlegte.
In den 1830er-Jahren kauften Staples und Minthorne Tompkins, Sohn von Vizepräsident Daniel D. Tompkins, der Familie Vanderbilt Land ab und legten die Straßen an. Sie richteten einen Fährdienst nach Manhattan ein und warben ab 1836 für ihr neues Dorf. 1866 wurde Stapleton zusammen mit Clifton Teil des in jenem Jahr gegründeten Dorfes Edgewater.