Nommée d’après le World Trade Center, construit sur le site du Hudson Terminal.
La station s’appelait d’abord Hudson Terminal, d’après le terminus voisin du Hudson and Manhattan Railroad, l’actuel PATH. Pour stimuler la rénovation urbaine de Lower Manhattan, la Port Authority construisit le World Trade Center sur ce site ; à son achèvement en 1973, la station fut rebaptisée. Le complexe d’origine fut détruit lors des attentats terroristes du 11 septembre 2001.