Nommée d'après la Canal Street, tracée le long d'un canal de drainage couvert.
Au début du XIXe siècle, un canal de drainage fut creusé ici pour évacuer l'eau d'étangs marécageux, devenus peu à peu des cloaques, dont le Collect Pond ; il fut couvert en 1819, et la Canal Street, achevée en 1820, suit son tracé. La station est aussi signalée Canal Street–Holland Tunnel, d'après le tunnel voisin, nommé en l'honneur de son premier ingénieur en chef, Clifford Milburn Holland, mort en 1924, avant son ouverture en 1927.