Benannt nach dem Rathaus von Issy-les-Moulineaux.
Die Stadt hieß zuerst einfach Issy, ein Name, der vielleicht vom mittellateinischen Issiacum kommt, „Gut des Isicius“, eines gallorömischen Grundbesitzers – eine Deutung des Abbé Lebeuf, die umstritten ist. In der Revolution hieß Issy L'Union; 1893 erhielt es offiziell den Namen Issy-les-Moulineaux. Les Moulineaux war ein kleiner Weiler, benannt nach den Mühlen (moulins), die dort standen.