Nommée d'après la mairie d'Issy-les-Moulineaux.
La ville s'appelait d'abord simplement Issy, un nom venant peut-être du latin médiéval Issiacum, « domaine d'Isicius », un propriétaire gallo-romain – une explication de l'abbé Lebeuf qui est contestée. Rebaptisée L'Union sous la Révolution, Issy prit officiellement le nom d'Issy-les-Moulineaux en 1893. Les Moulineaux était un petit hameau qui devait son nom aux moulins qui s'y trouvaient.