Benannt nach dem benachbarten Märkischen Museum, dem Stammmuseum der Stiftung Stadtmuseum Berlin.
Das Museum wurde 1874 als Märkisches Provinzialmuseum gegründet; seine Sammlungen dokumentierten die Entwicklung der Mark Brandenburg. Der Bahnhof wurde 1913 als Inselbrücke eröffnet und erhielt 1935 auf Initiative des Museumsdirektors Walter Stengel den Namen des Museums.